近百年前的清华体育馆曾经是中国设施最先进的综合体育馆，与大礼堂、图书馆、科学馆并称为清华园内的“四大建筑”。著名数学家陈省身曾回忆，当时甚至有个说法：“北大有胡适之，清华有体育馆。”
20世纪50年代，时任清华校长的蒋南翔提出“为祖国健康工作五十年”的口号，在全社会产生广泛影响，这一标语至今挂在该校的大操场前。现在清华仍然规定：体育课不及格的本科生和研究生不能毕业。
该校还流传着体育教授马约翰拿着本子四处寻找学生进行锻炼的典故，也是他建议学校“体育不合格者不能留学”。学生时代的吴宓跳远没有合格，结果被他“扣下”，为此发奋练了半年跳远，达标后得以赴美。闻一多和梁实秋为了体育达标，曾在体育馆室内游泳池里刻苦训练。
“同学们，现在是课外锻炼时间，走出宿舍，走出教室，去参加体育锻炼，争取至少‘为祖国健康工作五十年’。”清华大学体育部老教授陈蒂侨回忆起当年仍激动不已，每当下午四点半大喇叭响起时，师生们纷纷出来锻炼，操场上、校园的路上，到处是跑步的人群。可惜这些现在都看不到了。
半个世纪后的新一代青年对体育的认识早已不同，甚至有体质退化现象。对此，该校体育部主任刘波表示，新时期体育教育与教学要有新的思路。该校一直通过贯穿全年的“马约翰杯”各项赛事，每学年组织单项竞赛活动1000多场，努力提高学生的课外锻炼意识和能力。
